醫院污水處理設備的水質特點是含有大量的病原體-細菌和病毒。例如，結核病醫院的污水每升可以檢測到數十萬到數百萬的結核病桿菌。醫院污水還含有消毒劑、藥物、試劑等化學物質。使用放射性同位素的醫院污水也含有放射性物質。醫院污水量與醫院的性質、規模和氣候有關，一般為每張床每天200 ~ 1000升。

醫院污水處理主要是消毒，即殺死病原體。常用的方法有氯化消毒或臭氧消毒（見水消毒和廢水氧化）。

醫院排放的放射性廢水通常采用儲存衰減法處理。醫院常用的放射性同位素，如131碘、32磷、198金、24鈉等。它們都是半衰期短的同位素，因此放射性污水可以儲存在特殊的地下衰變池中10倍的半衰期，從而將放射性濃度降低到允許的排放水平。如果放射性污水濃度很低，水量很小，也可以用稀釋法處理。中國的《放射性保護條例》要求每個微型住宅的放射性同位素稀釋1.67 m3.當放射性污水濃度高，放射性半衰期長，不適合儲存或稀釋時，可采用蒸發、離子交換或混凝沉淀(見放射性污水處理)進行分離濃縮處理。

醫院污水處理不達標一直是危害環境的重要因素。經有關部門長期調查研究，醫院污水處理不完善主要有以下因素。

　　1.為了降低污水處理成本，對廢水進行分類具有很強的針對性。因此，各種廢水處理良好，綜合用水仍不達標。

　　2.污水處理采用大量石灰，水質清澈，成本低。然而，通常有30種污泥產生大量污泥%-40%污泥處理產生的廢水處理成本。

　　3.進水PH值變化大，污水處理反應池PH控制不穩定。酸堿度不穩定導致沉淀池渾濁。污水質量不穩定，有好有壞。

　　4.污水處理人員責任心不強，操作不仔細，不注意細節。例如，如果進水有問題，應及時停機進行緊急處理。各種儀器和探頭都沒有經常校準和清洗。準備好的藥物濃度不是按工藝要求準備的。為了省事，私下增加濃度。

　　5.表面處理行業的產品在表面處理前需要大量的預處理，其中除油粉含有乳化劑，大量的乳化劑不僅影響COD含量也會影響沉淀池中明礬花的混凝，導致沉淀不良。當沉淀池與上層清水流出大量懸浮固體時，PH重金屬離子在值調回時再溶解在水中，導致排出口超標。